„Provisorien sind sehr haltbar.“ Dieser Satz hat sich auch in St. Klemens bezüglich der Orgel bewahrheitet. Über 20 Jahre erklang eine kleine Leihorgel, bis für die Kirche eine gebrauchte Orgel der Firma Krell (Duderstadt) erworben wurde. Zur Finanzierung trugen Mittel des Kirchbauvereins, Erlöse aus Gemeindefesten und Mittel des Erzbistums bei. Die Orgel wurde auf der Empore direkt an der Wand aufgebaut. Am Pfingstsonntag, dem 30.05.1998 erfolgte die Orgelweihe im Rahmen einer Vesper.

Technische Daten:
Erbauer: Orgelbau Krell, Duderstadt
Baujahr: 1969, die Orgel stand vorher in Hennef-Happerschloss
Größe: 18 Register
Koppeln: Normalkoppeln
Tontraktur: mechanisch
Registertraktur: elektrisch
Windladen: Schleifladen

Disposition:

Hauptwerk:
Prinzipal 8′
Gedeckt 8′
Blockflöte 4′
Sesquialter 2f 2 2/3′
Oktave 2′
Mixtur 3-4f 1 1/3
Trompete 8′

Positiv:
Salicional 8′
Rohrflöte 8′
Prinzipal 4′
Spitzflöte 2′
Quinte 1 1/3
Zimbel 2f 1/2
Krummhorn 8′
Tremulant

Pedal:
Subbass 16′
Prästant 8′
Pommer 4′
Posaune 16′

Schon bald stellte sich heraus, dass für die Orgel ein schlechter Standort gewählt worden war. Durch den Platz direkt an der kalten Außenwand und ohne Gehäuserückwand gab es innerhalb der Orgel erhebliche Temperaturunterschiede. Die vorderen Pfeifen wurden im Winter von der Heizungsluft erwärmt. Die Luft und damit auch die Pfeifen direkt an der Außenwand waren wesentlich kälter. Durch diese Temperaturunterschiede war die Orgel ständig verstimmt und auch nicht vernünftig zu stimmen. Die einzige Lösung für dieses Problem lag darin, die Orgel vorzuziehen und das Gehäuse mit einer Rückwand zu versehen.

Diese Arbeiten wurden im Juni 2015 ausgeführt. Gleichzeitig erfolgte eine Generalüberholung und eine Reinigung. Zusätzlich waren einige Reparaturen und der Austausch von Verschleißteilen notwendig. Außerdem wurde die Elektrik an die aktuellen Vorgaben angepasst. Diese Maßnahmen führten zu einer wesentlichen klanglichen Verbesserung der Orgel.